Dass neben Rückbauprojekten auch bei Neubauten die landschaftliche Einpassung ein entscheidendes Kriterium ist, zeigt sich in beispielhafter Weise an zwei am nordwestlichen Stadtrand errichteten Supermärkten mit Tankstelle:
Entsprechend der Auflage der Stadt wurden die Gebäude mit den Rückseiten in den vorhandenen Hügel eingelassen, so dass sie von der Straßenseite gut sichtbar sind, von der freien Landschaft aber nicht, da der bewaldete Hügel direkt in die Gründächer übergeht.
Gründächer werden in neueren Baugebieten für Carports und untergeordnete Gebäudeteile vorgeschrieben.

Der in Eckernförde zum Grundsatz gewordene Nachhaltigkeitsgedanke zeigt sich auch in der Nutzung von Biomasse in Form von gehächseltem Knickholz zur Wärmeversorgung von etwa 450 Wohneinheiten, in der Errichtung und Förderung von Solaranlagen, im Betrieb von Blockheizkraftwerken und einer Kompostierungsanlage, die neben Grünschnitt auch Seegras vom Kurstrand verwertet, und in zahlreichen Ratsbeschlüssen zum Verzicht auf Herbizide und Pestizide, zur ausschließlichen Verwendung von FSC-zertifizierten Tropenhölzern oder zum Schutz des Baumbestandes durch Satzung.

Auch als die Stadt im Gewerbegebiet Marienthal ein Gründerzentrum errichtete, standen ökologische Aspekte im Vordergrund: Im Technik- und Ökologiezentrum  werden junge Firmen aufgenommen, die sich im Bereich Ökotechnik, Landschaftsplanung oder verwandten Feldern etablieren wollen, während das Gebäude selbst passend dazu ein Demonstrations- und Erprobungsobjekt für Möglichkeiten ökologischen Bauens ist.
Das Technik- und Ökologiezentrum mit dem umgebenden Gewerbegebiet „Marienthal”und dem benachbarten Wohngebiet „Domsland”war unter dem Motto „Arbeiten, Wohnen und Forschen im Einklang mit der Natur” eines der externen Projekte der EXPO 2000.